化肥——化學肥料的簡稱，就是用化學和（或）物理方法制成的含有一種或幾種農作物生長需要的營養元素的肥料。化肥質量的主要指標是指化肥產品中有效營養元素或其氧化物的含量百分率，如：氮、磷、鉀、硼、銅、鐵、鉬、鋅等的百分含量。氮肥、磷肥、鉀肥是植物需求量較大的化學肥料。
我國從1901年開始使用化學氮肥，100余年來，化肥在我國農業生產中發揮了巨大作用。我國在占世界9的耕地上解決了占世界21人口的溫飽問題。化肥的問世，使農業生產中作物營養的投入有了工業化生產的支撐，從而極大地提高了糧食產量，保證了人口的迅速增長對糧食的需求。同時，在我國農民生產投入中，化肥是最大的投資，約占全部生產性支出的50。
一、化肥使用對農業生產的作用
1、提供大量農產品
中國大量田間試驗結果表明，化肥施用得當，每千克化肥養分能增產糧食8.5-9.5kg，經濟效益較好。當然，也有的農民增施化肥后增產不顯著，但低效原因很多，但這不是化肥的本身問題，而是施肥不科學造成的。
2、讓更多有機肥返田
有機肥和化肥的作用是一致的，是可以互相轉化的。增施化肥提高了產量，不僅增加了糧食也增加了秸稈。糧食和秸稈的增多使飼料、燃料、肥料的緊張狀況得到緩和，也有利于畜牧業的發展，不僅滿足了社會對副食品需求，也增加了有機肥返田的肥源。
3、改善土壤養分狀況
試驗結果表明，在不施或少施有機肥的情況下，其結果:1每季畝施磷肥有效成分：五氧化二磷3—5公斤，土壤有效磷含量比試驗前增加40—90％而不施磷肥則下降23—54％。2每季畝施鉀肥有效成分氧化鉀5—10公斤，土壤有效鉀比試驗前平均增加左右。3增施氮、磷化肥或氮、磷、鉀化肥，土壤有機質含量升降幅度較小，影響不大。我國缺磷鉀土壤面積日益增加，單靠有機肥返田遠不能滿足作物的需求，以上表明增施氮、磷化肥或氮、磷、鉀化肥不會造成土壤有機質下降，還可改善土壤養分狀況，對土壤磷鉀含量的提高尤其明顯。
二、綠色食品原料生產中化肥使用的負面影響
作物吸收各種營養都是以無機物的形式吸收的。以氮肥為例，即便施用的是動物的糞便、植物性的餅肥，最終作物吸收也是以氨、尿素等形式被吸收的，也就是說化肥本身是無害的，那么綠色食品生產為什么還要限制化肥的使用呢？
1、增加土壤中重金屬和有毒元素的含量
很多化肥在原料中含有或在加工過程中帶進重金屬。例如磷肥的生產原料為磷礦石（磷酸鈣），它含有大量有害元素F和As，同時磷礦石的加工過程還會帶進其它重金屬Cd、Cr、Hg、As、F，特別是Cd。另外，利用廢酸生產的磷肥中還會帶有三氯乙醛，對作物造成毒害。長期施用化肥還會造成土壤中重金屬元素的富集。
2、微生物活性降低，物質難以轉化及降解
土壤微生物是個體小而能量大的活體，它們既是土壤有機質轉化的執行者，又是植物營養元素的活性庫，具有轉化有機質、分解礦物和降解有毒物質的作用。施用不同的肥料對土壤中微生物的數量、活性有很大的影響，其中有機肥配施無機肥的數量、活性最大；單施有機肥的次之；單施無機肥的最小。
3、養分失調，硝酸鹽累積
為追求產量，往往會大量使用無機氮肥。這樣也就會造成土壤中養分比例的失調，過多施用氮肥會產生硝酸鹽。
4、土壤酸化、板結
長期施用化肥會加速土壤酸化。氮肥在土壤中的硝化作用產生硝酸鹽，經過一系列作用，會形成氫離子，導致土壤PH值降低。另一方面，磷酸鈣、硫酸銨、氯化鉀等肥料在植物吸收肥料中的養分離子后，也會導致土壤中氫離子增多逐漸導致酸化。氯化鉀中的有效成分鉀離子被吸收后氯離子會和鈣離子幾何形成氯化鈣導致土壤板結。
5、造成江河湖泊及地下水源的污染。
多數化肥都易溶于水，施入土壤以，不等完全被作物吸收就會隨著地表徑流進入江河或者逐漸滲入地下造成地下水污染。在我國氮肥有效使用率平均不足40，其余全部流失。據調查，地表水體的氮的含量由人類活動排入的占一半以上，其中絕大部分為流失的氮肥。
6、直接或間接影響產品品質和產量
直接影響——很多農產品（尤其是新鮮蔬菜、瓜果）中硝酸鹽超標主要是過量使用氮肥所致。由于大量的氮肥使用導致作物的生長期大大縮短，其中被迅速、大量吸收的氮素不能全部在短時間內形成蛋白質，導致使硝酸鹽大量積累在瓜果菜內。特別是在空氣循環不良、二氧化碳減少的塑料大棚內更為嚴重。表現最為明顯的就是，施用氮素化肥過多的蔬菜水分大、不耐儲存、容易腐爛。對于一些鮮果類產品，光合作用產生糖分的速度跟不上氮素積累的速度，雖然瓜果成熟，但口感不好（不甜）。施用無機氮會導致硝酸鹽在產品內積累，最終會形成對人體極為有害的亞硝酸鹽而影響人類健康。
間接影響——大量流失的氮肥為“赤潮生物”的迅猛增殖提供了豐富的氮營養條件，已成為赤潮的主要誘發因素之一。赤潮的發生，使海域生態系統遭到破壞，魚類、貝類中毒或死亡，影響了水產品的質量和產量。
7、影響生物的正常生長
植物根系按時、按量吸收土壤中的營養，葉片按時、按量進行光合作用，千萬年來已經形成了固定的節奏。由于化肥的突然出現，植物不能夠智能地控制氮素的吸收，導致氮素在體內過量積累和各種營養素的比例失調，最終引起植物生理活動的紊亂，久而久之就有可能會產生變異而形成新的人造品種乃至物種。
土壤中有機氮到無機氮的轉化、根系按時按量吸收，植物最終按時按量將其制造成營養物質（蛋白、脂肪、糖類），好比人吃飯，飯菜中一些營養成分經消化系統分解成葡萄糖進入血液，為生命活動活動提供所需能量。如果病了不能進食，可以點滴葡萄糖來補充，可是點滴葡萄糖不可能代替吃飯！假如長期不進食只靠葡萄糖維持，勢必導致其他營養缺乏、消化系統萎縮……。作物一旦因此變異成新的物種，也就會導致人類食物結構的改變，久而久之也就影響到了人類的健康甚至是變異。以豬為例：人類養豬最早的記載是在波斯，大約1萬年的時間，“野豬”到家豬的蛻變的主要原因無非就是生存活動環境和食物結構的改變而已。
三、綠色食品生產中肥料的使用原則
對肥料使用有 “無害有利原則、有機為主原則、平衡施肥原則、合法合規原則”的基本要求。
綠色食品的開發其目的是為了保護環境、為人們提供安全的食品來保證糧食安全。食品安全既包括數量安全也包括質量安全。我國是一個人口大國，在今后相當長的時間內，農業產品的生產在養分的投入上仍然需要大量化肥的投入。按綠色食品生產要求，充分合理平衡的化肥使用不僅能滿足人們對農產品數量上的需要，而且也能滿足人們對農產品品質的要求。
無害有利原則。用于綠色食品生產的全部肥料都應達到國家相關標準規定的無害化技術指標，不對農產品及其產地造成污染，保證食品安全，并且能夠為農產品提供養分，提高品質。在此要求下，像來源于醫院的人糞尿、城市垃圾等含有有害物質的肥料就不應用在綠色食品乃至普通食品生產上。
有機為主原則。綠色食品生產過程中肥料種類的選取應以有機肥料為主，生物肥料、化學肥料為輔。鼓勵使用秸稈肥、綠肥等農家肥，配合施用固氮菌劑、秸稈腐熟劑等微生物肥料，補充無機速效養分，達到培肥地力，改善環境，實現農業可持續發展。
施用有機肥，能夠增加土壤有機質、土壤微生物，改善土壤結構，提高土壤的吸收容量，增加土壤膠體對重金屬等有毒物質的吸附能力。作物秸稈本身含有較豐富的養分，推行秸稈還田也是增加土壤有機質的有效措施，應加以推廣。增施有機肥可以改善土壤的營養結構，符合綠色食品的可持續發展原則。同時，有機為主的原則不是禁止使用化肥，而是要科學、合理地限量使用。
平衡施肥原則。綠色食品生產過程中肥料用量應體現以產定量、總量控制、平衡施用，即根據目標產量確定需要投入的養分總量，在施用有機肥的基礎上，減少化肥用量，并且兼顧各營養元素間的比例平衡。
測土配方施肥是平衡施肥原則的一個具體操作。根據作物需肥規律、土壤中養分情況，在以有機肥為主的條件下，產前提出施用各種肥料的適宜用量和比例及相應的施肥方法。推廣配方施肥技術可以確定施肥量、施肥種類、施肥時期，有利于土壤養分的平衡供應，減少化肥的浪費，避免對土壤環境造成污染。例如棚室果、菜因施用氮肥導致氮素過剩，可增施二氧化碳氣肥來促進光合作用來維持正常的植物生理活動。
化肥施用造成的危害大多是由于不科學、不合理地使用了化肥造成的，例如前面提及的對土壤微生物數量和活性的負面影響就是因施肥中氮多、磷鉀少造成的。就農產品質量與使用化肥而言，化肥施用對農產品質量會產生影響，但產生的是正面影響還是負面影響，主要取決于化肥的施用量和方法。過多地施用單一化肥，會對農產品品質產生負面影響，但如果能夠平衡施肥，則會促進農產品品質的提高。如無機氮肥對稻米氨基酸含量的影響，它并不比施用有機氮肥差。
為此，綠色食品產地環境在監測重金屬和PH值時也應對產地土壤的營養情況進行監測，以利于更科學合理地指導施肥。
合法合規原則。綠色食品生產用肥的生產和使用應符合國家相關法令、法規，商品肥料生產企業應具有資質，獲得許可，產品質量達到相關標準，并且接受政府部門的管理和監督。